biologia

Ottenere e combinare mappe fisiche e genetiche del genoma

Mappa genetica

ordine nel quale i geni sono disposti lungo i cromosomi

descrizione dell'ordine relativo dei marcatori genetici nei gruppi di associazione genica (linkage), nei quali la distanza tra geni di riferimento (marcatori) è espressa come unità di ricombinazione

Polimorfismi della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP)

Polimorfismi della lunghezza di sequenze semplici (SSLP)

Minisatelliti (VNTR) Microsatelliti (STR)

Polimorfismi di singoli nucleotidi (SNP)

Problemi della mappa genetica:

La risoluzione di una mappa genetica dipende dal numero di crossing-over che sono stati individuati. Nel caso dell'uomo, e della maggior parte degli eucarioti superiori non si può ottenere una progenie sufficientemente numerosa, cosicché si possono studiare relativamente poche meiosi e il potere risolutivo dell'analisi di associazione è limitato.

Le mappe genetiche hanno un'accuratezza limitata. Sebbene in generale è corretto sostenere che i crossing-over avvengono in siti casuali lungo il cromosoma, è reale l'esistenza di siti caldi di ricombinazione che indica come i crossing-over avvengono con maggiore frequenza in alcuni punti rispetto ad altri (cromosoma III di S. cerevisiae)

Mappa fisica:

posizione di tratti distintivi della sequenza

insieme di tratti contigui di DNA cromosomico nei quali la distanza tra le sequenze usate come marcatori è espressa in kilobasi

Tecniche di mappatura fisica:

q Mappe di restrizione: localizzano la posizione relativa dei siti di taglio delle endonucleasi di restrizione all'interno di una molecola di DNA. Tale tecnica è difficilmente applicabile a genomi di grandi dimensioni (> 50Kb).

q Ibridazione in situ con fluorescenza (FISH): la posizione dei marcatori è mappata ibridando sui cromosomi intatti una sonda che contiene il marcatore. Tale tecnica può essere applicata a genomi di grande dimensione ma è difficile da eseguire, l'accumulo dei dati è lento e non è possibile ottenere con un unico esperimento informazioni di mappa per più di tre o quattro marcatori.

q Mappatura mediante STS (sequence tagged site): le posizioni di brevi sequenze ( da 100 a 500 bp) sono mappate mediante PCR o per ibridazione di frammenti genomici.

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